El Posgrado de Ingeniería de Sistemas de la FIME-UANL tiene el gusto de hacer la atenta invitacion a su Seminario, presentando en esta ocasión:
Dr. Luis Carlos González Gurrola
Tema: Introducción a un par de problemas combinatorios en bioinformática
Resumen: La técnica de secuenciación de ADN por hibridación (SBH) fue propuesta como una opción para hacer más eficiente la entonces intensiva tarea de secuenciación de ADN por otros métodos (Sanger, Maxam). En su etapa bioquímica, SBH utiliza una biblioteca de fragmentos de ADN construida en un microarreglo, en el cual, fragmentos de la cadena original de ADN hibridan con su complemento (A-T, G-C). Debido a los errores que se presentan durante el experimento bioquímico, la reconstrucción de la cadena original de ADN pertenece a la clase NP-difícil. Diferentes heurísticas se han propuesto para el problema de SBH con errores en su etapa combinatoria. Durante esta presentación se visitarán algunos resultados interesantes basados en algoritmos genéticos. Diseño de proteínas. Las mutaciones en virus y bacterias imponen un reto para el diseño de fármacos. Algoritmos de diseño de proteínas han demostrado ser una opción confiable para identificar a priori las posibles mutaciones que una bacteria desarrollará, lo cual trae como consecuencia que el proceso de elaboración de medicamentos sea más efectivo. El problema de diseño de proteínas se puede representar utilizando desde modelos minimalistas (modelo HP) a modelos más elaborados que suponen la selección de configuraciones de cadenas laterales de proteínas que minimizan una función de energía. Se ha demostrado que el problema de encontrar la solución óptima para ambos modelos (modelo HP y empaquetamiento de la cadena lateral) pertenece a la clase NP-difícil. Durante esta charla se hará una introducción al problema de diseño de proteínas y se presentarán resultados validados experimentalmente que motivan el desarrollo de algoritmos para este problema.
Día, hora y lugar: Jueves 31 de marzo del 2011, a las 12:00 en el Auditorio de posgrado Dr. Raúl G. Quintero Flores. Agradecemos de antemano su puntal asistencia.
Tema: Un algoritmo de grafo para calcular la flexibilidad en proteínas
Resumen: Las proteínas deben ser lo suficientemente flexibles para transitar a través de procesos bioquímicos, así como mantener un grado de rigidez para permitir su reconocimiento estructural. Durante esta charla se presentará un algoritmo de grafo, llamado VPG, para el cálculo de propiedades mecánicas en macromoléculas, específicamente proteínas. Este algoritmo de grafo es una heurística basada en grafos (k,l)-dispersos. Para caracterizar la flexibilidad en proteínas es necesario seleccionar adecuadamente el conjunto de interacciones químicas crítico (problema de conteo combinatorio) que ésta presenta. Las propiedades mecánicas se refieren al número de grados de libertad que permiten que regiones particulares de la proteína muestren flexibilidad y a la identificación de grupos rígidos (clusters) de átomos que se mueven como un único cuerpo. Una característica interesante de los clusters rígidos es que permiten deducir información dinámica de la proteína sin pasar por el computacionalmente costoso proceso de otros métodos, como dinámica molecular. Se mostrará además, la caracterización exhaustiva del VPG utilizando varias métricas como son la medida RAND, susceptibilidad de los clusters, coeficientes de correlación, mapas de rigidez, etc. Para demostrar la factibilidad del VPG, se utilizaron casos de prueba que varían desde mallas cúbicas hasta un conjunto no redundante de 272 proteínas.
Día, hora y lugar: Viernes 1 de abril del 2011, a las 10:30 en el Auditorio de posgrado Dr. Raúl G. Quintero Flores. Agradecemos de antemano su puntal asistencia.
Biografía breve: Sus estudios profesionales los realiza en Ingeniería en Sistemas en el Instituto Tecnológico de Durango (ITD). Al termino de éstos, se desplaza a Ensenada, Baja California, para realizar sus estudios de maestría en Ciencias de la Computación en el Centro de Investigación Científica y de Educación Superior de Ensenada (CICESE). Regresa a las aulas por 3 años como profesor en el Instituto Tecnológico Superior de Santiago Papasquiaro, Durango. Finalmente, decide emprender la aventura de sus estudios doctorales en Tecnologías de la Información en la Universidad de Carolina del Norte en Charlotte, Carolina del Norte, E.U. Entre los intereses que Luis Carlos desarrolla durante su preparación académica se encuentran: problemas de optimización combinatoria, complejidad computacional, heurísticas y algoritmos de aproximación.